本書分序曲、正篇和尾聲。 序曲主要聚焦於中國傳統知識譜系中的知識觀念分析以及馬一浮的「六藝論」;正篇以列於馬一浮「群經通類」中的經學著作，即啖助新《春秋》學、胡瑗《洪范口義》、程頤《周易程氏傳》與王宗傳《童溪易傳》、敖繼公《儀禮集說》、李光地《詩所》、黃道周《孝經集傳》、朱熹《論孟精義》為核心，討論理學如何從經學中轉出，形成自己的問題關懷、 理論訴求和治學方法;尾聲則從顧炎武的《五經同異》討論理學的後續影響和清學與理學的關係。