在月球表面的馮‧布朗市，伊歐得到了短暫的休息。過世父親的盟友‧安納海姆電子公司執行幹部安迪‧威靈頓讓他看到次世代MS，也拜託他務必守護人類史上最大的生態箱‧穹頂都市馮‧布朗市。接受這份委託的伊歐，既承接了安迪的用心，同時也對於未來與達利爾的決戰感到興奮。另一方面，企圖奪走太陽能熱線砲的南洋同盟，操縱巨大MA畢格‧薩姆攻打吉翁共和國。面對守株待兔迎擊的聯邦軍，南洋同盟的「彌勒行動」終於正式展開！