《東亞海域一千年》共收錄論文十五篇，內容依時間先後排序。有考證，有分析；在經濟、貿易之外，更擴及人員的互訪與文化的交流。針對舊的議題，如鄭和下西洋，作者提出新的看法，從追尋蘇木、胡椒與長頸鹿來探討船隊成行的動機；新開發的議題，如在討論中國與東南亞的文化交流中，指出中文常見的「公司」一詞，早在十七世紀以後就已成為馬來文的字根……等，於嚴肅的學術意義之外，別具一般性的趣味。其他文章則涉及中國與東南亞、歐洲地區的交往，特別著重在廣州與廈門的對外貿易所引發的種種問題，對中國在近代初期亞洲的海洋貿易網絡中所扮演的角色，有深入的探討。