《明儒學案》的學術史系統以「一本萬殊」的學術史觀作為總的根本宗旨，從史料、史例、史法三個維度展開：首先在學術史史料方面以「纂要勾玄」為基本原則，本著優化文本的目的，通過「增、刪、改、易、移、補、並」等具體方法對傳主的原著進行文獻的二次選擇與二次呈現。然後以擇精語詳的史料選編為基礎，將「同源同向異體異用」作為「序—傳—錄」體例關系中最核心的要義，最後在史料和體例深度融合的基礎上運用「價值取向、四維結構、編纂范式、主題引領、要素提煉、格式批評、結構敘述」等一系列具體的學術史方法呈現一代學術思想史。這個系統遵循著三條最基本的原則：相同或相異的動態辨析、微觀與宏觀的多元一體、歷史與邏輯的辯證統一。在中國傳統學術史編纂理論的文化序列裡，《明儒學案》學術史系統的理論結構具有重要的學理價值。