聖迷迭香書院與羅勒葉高校兩校大停電事件中， 雖然奇怪裝置爆炸只是虛驚一場順利解除， 但背後牽扯出更驚天的地下犯罪集團。

天才推理少女小綾認定幕後黑手就是怪盗輝夜姬， 於是鍥而不捨憑著微弱的線索去追查， 竟然給她發現一條秘道，通往一個秘密基地——

那是一個像是火車站加大型市集的建築物！

在這個犯罪基地裡，正進行很多嚴重的不法勾當， 當中最可怕的，更竟然有毒品生產和交易！

為了要向外界揭破這件事，眾人僭入敵方陣營， 登上了離開校園的火車，想向執法部門揭發事件。

豈料，小綾竟在此時發現，犯罪組織當中， 竟然包括她的爸爸？這下該怎麼辦？

是要大義滅親，還是要替父親隱瞞罪行？