克比轉學到偉大市的新世界國中就讀，立志交到人生第一個的朋友的他，進入新學校的第一天就被一年級的首領克利克給盯上，幸好魯夫出現拯救了他，兩人也成為朋友。雖然克比在這裡認識了很多新同學，然而班導師青雉老師的上課方式卻讓他吐槽連連。新世界國中裡龍蛇雜處的學生生態，以及能力高強的老師們似乎暗示著今後將會有波瀾萬丈的校園生活！

《航海王》中的角色們竟然變成了國中生！不過原作的經典場面以及各角色的性格特色、互動，在這本《航海王學園》中都能找的到！