未來整個地球因為“柏林病毒”的爆發，以及戰爭、污染因素被放棄，人類聯盟以“遠航者”飛船啟動宇宙航海尋找下一個棲息。林斯是生物學家，作為飛船上的科技人才，他主導多個科學專案，是其他人眼中“巫師”一樣的存在。淩一是被冷凍在飛船裡的少年，在一次意外中，淩一受到黑洞輻射，成為變異少年蘇醒。

淩一在林斯的照顧下逐漸長大，也瞭解到了自己的身世。而同時飛船上一直存在想毀滅人類的陰謀家。林斯和淩一經歷重重磨難，聯合眾人找到幕後策劃者，保護了“遠航者”號。最後遠航者號終於找到了一顆適宜人類居住的紫色星球，而這個星球竟然就是被人類拋棄的地球。