《明清破局》以乾隆四十一年開始編纂的《貳臣傳》為主要研究對象，重點談論明清之際知識分子的人生選擇與歷史作為：作者從1644年這個「天有三日」的特殊時期引入，藉助大量明清史古籍資料，重返明清之際的現場與背後，在小心考證的基礎上，對一些爭議的歷史進行了澄清與糾正，而對尚未有明確結論的迷案，則揆諸人情，合理推測，力求儘可能還原明清之際明臣降清的前因後果，其中既有範文程、洪承疇這樣的開國之良輔，也有孫定遠、孔有德等對「二主」清朝忠誠殉國者，也有謝陞、錢謙益等在新朝任職卻「無建樹者」。