孟森致力於明清斷代史研究，成績斐然，多有精湛之處。先後發表明清史及其他斷代史論文近百篇，多收入《心史叢刊》、《清初三大疑案考實》中。孟森治史在傳統方法上吸收了近代史論研究方法，開創了明清斷代史研究之先河。胡適與周作人皆高度評價《心史叢刊》，謂「孟君耆年宿學，而其意見明達，前後不變，往往出後輩賢達之上，可謂難得矣」。

《心史叢刊》本分三集，且未使用標點符號。為方便讀者閱讀，蔡登山主編將三集重新點校，合併為一冊出版經典重現。